Не совсем так.

Это же не производство, а недвижимость, которая делится по закону на раздельные объекты.

В конце 49% площадей отойдет Городу, 51% отойдет Газпрому.
Аналог долевой договор в строительстве. Выже не остаетесь в доле со строителем, а получает долю "натурой" - квартирой.

Если даже партнеры не договорились о выделение недвижимости в натуре, это по закону можно сделать в любой момент.

Т.е. это не значит, что Газпром как-то сможет на "собрании акционеров" распорядится долей города.
Это просто отдельное имущество, Город сам решает, что с ним делать и Газпром не спрашивает.

Газпром в принципе может большинством голосов выбрать только управляющую компанию для Небоскреба,
т.е. компанию, которая содержит здание (аналог ТСЖ в жилом доме) и собирает деньги на это.

Но даже это у Газпрома не получится, т.к. Город имеет блок-пакет (больше 30%), поэтому может заблокировать любое решение, которое ему не понравится.

Правда в уставе, можно определить, что какие-то вопросы принимаются простым большинством.
Вероятно для этого и 51% и нужен Газпрому.
Скорее всего это часть вопросов по содержанию Небоскреба.